华南海鲜市场不是病毒发源地！中科院团队论文曝光基因追踪“零号病人”再进一步 #武汉肺炎 #新型冠状病毒 #武汉疫情

作者认为，确定海鲜市场是不是病毒发源地对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。

全基因组数据分析溯源

他们通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径发现，收到的 93 个样本包含 58 种单倍型，而 58 个单倍型中，H13 和 H38 是比较“古老的”单倍型，两者通过单倍型 H3 衍生出了单倍型 H1。

值得注意的是，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是 H1 及其衍生单倍型，而一份来自武汉样品的更“古老的”单倍型 H3 则与华南海鲜市场无关。作者结合第一批患者报告信息，以及种群扩张时间分析结果，作者推测华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。

作者还推测，单倍型 H13 和 H38 通过一个中间载体与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 关联，这个中间载体 mv1 可能是一个祖先单倍型，也可能来自中间宿主或者“零号病人”。

“古老的”单倍型 H13 和 H38 的病毒样品分别来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。他们的旅行记录表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都来过武汉。

为什么有 2 个“古老的”单倍型呢？郁文彬对 DeepTech 解释说，其实 H13 和 H38，以及 H3，它们两两之间只有 1 个核苷酸位点的差异，有可能是衍生到 H3 后，发生了一次转换的回复突变，衍生到另外一种基因型基因型。并且两者都是同义突变，即该突变不影响基因表达的结果。这就意味着 2 个“古老的”单倍型极为接近。

现有武汉样本中没有检测到 H13 和 H38 单倍型，作者推测可能是因为现有样品主要采自几家定点医院，而且样品采集时间局限于 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。那么，如果能在武汉其他医院早期的病患中检测到这两种单倍型，将对于寻找病毒来源非常有帮助。

对于单倍型 H3，其武汉样本的发现时间在 2020 年 1 月，但这并不意味着其基因型更“年轻”。郁文彬解释说，可能是因为病毒在被传染到这位携带者身上没有发生变异，或者很早传染到这位患者，只是没有发病。

郁文彬认为，最原始的单倍型不太可能存在现在的患者身上，因为病毒的变异太快。他们现在能拿到的数据已经是最早是 12 月 24 日，因为没有早期的样本就很难去溯源，“我们猜测国内医院可能没有保存早期患者的组织材料，当然我们非常希望有早期的样品存在”。

郁文彬表示，这个研究有个不足，那就是 93 个样本中，武汉样本主要是早期的，如果有更多武汉样本进行基因组测序的话，可能在溯源方面可以找到更多的证据，比如说找到 H13 和 H38 单倍型，可能可以帮助找到病毒来源。

“新冠病毒基因组尚未发生重组事件”的结论是一个好消息，也就是说不会产生新的全新的病毒毒株。

研究的另一个结论是，新冠病毒在 2 月 12 日之前发生过 2 次明显的种群扩张。

根据新型冠状病毒基因组发生重组时间推算，1 月之前的种群扩张发生时间是 12 月 8 日，那么病毒可能在 12 月初，甚至 11 月下旬即已经开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播。

研究推算 2 月份之前的种群扩张时间在 1 月 6 日，这个可能与元旦假期有关联。需要指出，此时国家疾控中心发布了 2 级应急响应。

研究团队认为，当时的预警起到了一些警示作用，公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视，那么 1 月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。